Fatih Kız Lisesi ' Fatih Erkek Ortaokulu ' adı ile 1936-1937 öğretim yılı başında Fatih Çarşamba semtindeki Beyceğiz Caddesi üzerinde yer alan ABDÜLHAMİD'in ders vekillerinden Asım Efendi'ye ait 170 odalı ahşap konakta öğretime başlamıştır.

1939-1940 öğretim yılı başında Erkek öğrencilerini eski KARAGÜMRÜK (Bugünkü adıyla Ahmet Rasim Ortaokulu'na devrederek yerine kız öğrenci almaya başlamış ve FATİH KIZ ORTAOKULU adını almıştır.

1949-1950 Eğitim - Öğretim yılında kapatılan Cumhuriyet Kız Lisesi'nin ortaokul öğrencilerini bünyesine alan FATİH KIZ ORTAOKULU 1949-1950 öğretim yılından itibaren daha geniş bir öğrenci kadrosu ile eğitime ve öğretime devam etmiştir.

1951-1952 Eğitim -  Öğretim yılında genişleyen öğrenci kadrosu ile konağa sığmayan FATİH KIZ ORTAOKULU Ahmet Rasim Ortaokulu binasına taşınarak çift öğrenime başlamıştır.

Müdürler komisyonunun 17.09.1957 tarih ve 405-339 sayılı kararı ile 1957-1958 öğretim yılından itibaren 'LİSE' olan Fatih Kız Ortaokulu 1959-1960 Öğretim yılında 'FATİH KIZ LİSESİ' adıyla bugünkü yeni binasına taşınmıştır.

Darüşşafaka Caddesindeki FATİH KIZ LİSESİ, ilk 'lise ' mezunlarını 1960-1961 eğitim-öğretim yılı sonunda vermiştir. 

2013 yılında Fatih Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi, Milli Eğitim Bakanlığı MEB Din Öğretimi Genel Müdürlüğü tarafından Fen ve Sosyal Bilimler Proje veya Programı uygulaması kapsamına alınmıştır. 2019-2020 yılı itibariyle Fatih Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi bünyesinde Geleneksel ve Çağdaş Görsel Sanatlar Proje sınıfı açılmıştır.

2024-2025 Eğitim-öğretim yılında ise bünyesinde 30 kontenjanlı "Yabancı dil ağırlıklı proje ortaokulu" açılarak ilk 5.sınıf öğrencilerini almıştır.

FATİH KIZ LİSESİ ilk Müdürü

Sayın Abdurahman  Şefik AKSAL' dan sırasıyla

Sayın Osman Fevzi İLTER (05.04.1951-05.09.1951)

Sayın Hidayet TUNCAY(29.09.1951-21.11.1959)

Sayın İsmet KÖKNEL(10.02.1960-03.09.1969)

Sayın Nevvare ÜNSAL(05.06.1969-14.11.1972)

Sayın İbrahim BOZKURT(23.11.1972-16.05.1980)

Sayın Selçuk EROĞLU(13.10.1980-15.08.1989)

Sayın Sadi AKTAŞ(23.08.1989-20.10.1995)

Sayın Cemal AKGÖZ(16.02.1996-17.02.2009) Tarihleri arasnda müdürlük,

Sayın Latif ATAY(17.02.2009-08.02.2010)  Tarihleri arasında müdür vekilliği görevinde bulunmuştur.

Sayın Niyazi ÇOBAN (08.02.2010-22.12.2014) Tarihleri arasnda müdürlük,

Sayın Macide GÜL (22.12.2014-01.10.2019) Tarihleri arasında müdürlük,

Sayın Ebru COŞKUN BOYRAZ (02.10.2019-19.07.2024) Tarihleri arasında müdürlük,

Halen Okul Müdürü Olan Ayşenur AYDIN 22.07.2024 tarihinde göreve başlamıştır.